Cũng bắt đầu từ ngày 01/01/2020, cơ quan hải quan hai nước sẽ nhận được thông tin khai báo hàng hóa xuất nhập khẩu theo thỏa thuận về hệ thống trao đổi dữ liệu điện tử. Pakistan kỳ vọng việc này sẽ ngăn chặn được nạn khai thấp trị giá hóa đơn đối với hàng xuất nhập khẩu nhằm trốn thuế và chuyển tiền bất hợp pháp ra nước ngoài.

PCFTA giai đoạn 1 được ký tại Islamabad ngày 24/11/2006 nhân dịp chuyến thăm Pakistan của Chủ tịch Trung Quốc Hồ Cẩm Đào, theo lời mời của Tổng thống Pakistan Pervez Musharraf, có hiệu lực từ 01/07/2007. 724 mặt hàng xuất khẩu của Pakistan được hưởng thuế nhập khẩu 0%.

Sau FTA, nhập khẩu của Pakistan từ Trung Quốc tăng 6 lần do Pakistan buộc phải nhập khẩu hàng công nghệ mới từ Trung Quốc trong khi xuất khẩu của Pakistan vẫn chỉ là bông là nguyên liệu chế biến thấp. Pakistan cho rằng, ngay sau khi ký FTA với Pakistan, Trung Quốc ký FTA với ASEAN làm cho hàng xuất khẩu của Pakistan không thể cạnh tranh với hàng xuất khẩu của ASEAN, vì vậy xuất khẩu của Pakistan đứng nguyên ở mức 1,2 tỷ USD trong khi xuất khẩu của Trung Quốc tăng vọt lên 15 tỷ USD. Vì vậy Pakistan muốn đàm phán lại theo hướng FTA Pakistan - Trung quốc tương đương với FTA ASEAN - Trung quốc và FTA với các nước khác.

Ngày 28/4/2019, nhân dịp chuyến thăm Trung Quốc của Thủ tướng Pakistan Imran Khan, PCFTA giai đoạn 2 được ký tại Bắc Kinh. Pakistan đề nghị thỏa thuận có hiệu lực từ ngày 1/7/2019 nhưng phía Trung Quốc đưa ra thời hạn tháng 9/2019. Cuối cùng PCFTA giai đoạn 2 chính thức có hiệu lực từ ngày 01/01/2020. Pakistan kỳ vọng xuất khẩu sang Trung Quốc sẽ tăng 4 tỷ USD trong 6-7 năm tới.

Danh mục hàng xuất khẩu của Trung Quốc được hưởng ưu đãi bao gồm dầu thô (giá tính thuế Rs 8000/MT), dầu cọ stearin (Rs 9050/MT), dầu cọ RBD (Rs 10800/MT), dầu cọ olein (Rs 9050.0/MT), động vật giống thuần chủng, thịt dê, cá, sữa chua, bột váng sữa, bơ, sản phẩm sữa phết, phomat, mật ong, rau các loại, nấm các loại, chè xanh, chè đen, gạo, đồ uống, vàng, bạc, vani, tơ sợi nhân tạo, phụ tùng ô tô, thiết bị viễn thông vệ tinh, máy định vị sóng, phụ tùng phụ kiện đầu thu tivi cáp/vệ tinh, đèn tiết kiệm điện, máy ảnh, đèn tuýp tiết kiệm điện, linh kiện lắp ráp phương tiện vận tải .v.v.

Danh mục hàng xuất khẩu của Pakistan được hưởng ưu đãi bao gồm dệt may, thủy sản, thịt và sản phẩm thịt, thực phẩm chế biến, sản phẩm da, hóa chất, nhựa, hạt có dầu, giày dép, máy kéo, phụ tùng ô tô, đồ điện dân dụng, máy móc .v.v.